Printre cele mai vechi colecţii care au stat la baza înfiinţării muzeului devean, este şi cea de numismatică, constituită din tezaure, monede solitare, medalii, decoraţii, jetoane şi bancnote. Secţia de Ştiinţele Naturii, înfiinţată în anul 1967, dispune de colecţii de paleontologie, lepidoptere, minerale, coleoptere, mamifere, moluşte actuale, un herbarium iar biblioteca documentară, considerată la sfârşitul secolului al XIX-lea una dintre cele mai importante din comitat, cuprinde carte curentă de specialitate, carte veche românească şi străină, precum şi periodice româneşti şi străine
Astăzi la parterul clădirii Magna Curia poate fi vizitată expoziţia de bază de Ştiinţele Naturii, intitulată „Trecut şi prezent în natura hunedoreană” precum şi o încăpere dedicată istoriei secolului al XIX-lea din judeţul Hunedoara, denumită „Ambient nobiliar de secol XIX”. În celelalte spaţii sunt organizate diferite expoziţii temporare precum „Obiecte de tezaur din colecţiile Muzeului Civilizaţiei Dacice şi Romane din Deva” sau cea dedicată matriţei de bronz descoperită la Sarmizegetusa Regia. Totodată, în spatele clădirii Magna Curia a fost amenajat, începând cu anul 2012, un Lapidarium deschis publicului vizitator.
Muzeul Civilizaţiei Dacice şi Romane din Deva este implicat şi în derularea mai multor proiecte de anvergură, unul dintre ele fiind intitulat „Ruta Împăraţilor Romani”, situl de la Sarmizegetusa Ulpia Traiana fiind selectat, alături de alte patru asemenea obiective din ţară, pentru a fi inclus în acest proiect internațional ce are drept scop diversificarea ofertei turistice europene şi creşterea vizibilităţii zonei Dunării inferioare şi de mijloc ca o destinaţie atractivă şi durabilă.
